Nace en 1500 en la calle de Serranos (actual calle Isabel La Católica) en Medina del Campo. Sus padres son Antonio Pereira y Margarita de Medina según el mismo confirma en la  introducción y en el título de su obra más conocida. Son pequeños comerciantes con una “xerguería”, es decir, una tienda de venta de paños de baja calidad, o jergas. Sus antepasados son judíos portugueses que se establecen en Medina atraídos por la importancia de las ferias.

Es el segundo de cinco hermanos que muy pronto quedan huérfanos ya que su madre fallece en 1515. Poco después de esa fecha está ya en Salamanca estudiando en su universidad donde asiste a los cursos de Medicina y Filosofía. Tras acabar sus estudios en 1520 regresa a Medina del Campo donde se instala como médico, casándose y estableciendo su casa en la calle Rua Nueva (actual calle Padilla).

Adquiere gran prestigio como médico, dedicándose también como  cualquier burgués de la villa a otros negocios como la compra de rentas o la compraventa de cereales.

En 1554 aparece publicada su obra Antoniana Margarita (dedicada a sus padres) obra filosófica en la que, según muchos autores, avanza algunos elementos del pensamiento racionalista que luego formulará Descartes

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Cuatro años después (1558) publica Novae Veraeque Medicinae, obra de contenido médico donde se atreve a oponer su teoría sobre las fiebres a la de Galeno.

En los siguientes años seguimos teniendo noticias suyas como las referidas a su colaboración, en 1563, con el eminente tecnólogo Francisco Lobato en el diseño y construcción de un molino de sifón en el río Zapardiel.

Por los documentos que se conservan sabemos que posiblemente murió entre 1567 y 1573.